עיקר המלחמה היא על בהירות האמונה. כמבואר באוה"ח הק' (שמות ג' ח') שבסוף הימים תהא המלחמה עם שער החמישים של הטומאה, וביארנו בכמה מקומות שמהותו של שער חמישים זה של הטומאה, הוא מינות ואפיקורסות, כן ידוע מדברי הח"ח שאמרם הגה"צ רבי יחזקאל לוינשטיין זצ"ל, וכן מבואר בדברי הרב מקמרנא בספרו "עשירית האיפה", וכן האריך בזה הרב "שומר אמונים".
ואף שלכאורה אין אנו רואים שהמלחמה היום על האמונה, שהרי אין היום מי שיפריע לנו מלהאמין ולבנות ישיבות ובתי כנסיות, להתפלל וללמוד, אדרבא, עיקר המלחמה היום היא על הקדושה לחללה בטומאת עריות וזימה באופן נורא במכשירים ובכלים שלא היו דוגמתם מעולם.
אומנם לפי המבואר לעיל זהו גופא המלחמה על האמונה, ואדרבא כאן הסכנה גדולה יותר בסיבוך המלחמה, שהרי אם היה בא היצר עלינו במלחמת האמונה באופן ישיר לא היינו שומעים לו בשום אופן, או לפחות היינו מתכוננים למלחמה זו בהתאם, אולם בא הוא מכוון אחר, והוא בדרך חילול הקדושה בפיתויים וגירויים לעבירה, ובכך שתתחלל הקדושה חלילה, הרי כאמור, אין לך דבר שיטמטם את הדעת מהאמונה כמו הפגם בענייני קדושה.
וזהו המבואר בגמרא (מכות כ"ד ע"א) בא חבקוק והעמידן על אחת "וצדיק באמונתו יחיה", דהיינו בא חבקוק והעמיד את הדור האחרון על אחת שהיא האמונה, ולכאורה הרי קאמר מקרא: "וצדיק באמונתו יחיה", ואם כן תימה הרי זה לא "אחת", שהרי נדרש להיות גם "צדיק" וגם "באמונתו" אולם התשובה, שבאמת בא חבקוק להודיענו שהנדרש להנצל בעקבות משיחא הוא "אחת" שהיא האמונה, אלא הודיענו שאי אפשר יהיה להאחז באמונה מבלי שיהא האדם "צדיק" שכידוע הכוונה לנטירת ברי"ק, כי מבלי זה לא תיכון אמונתו בתוכו מפני שוחד התאוה, אולם "הצדיק" באמונה יחיה.