תיקון מחשבות אלו הוא בכך שלאחר שחזר האדם בתשובה, ונתנקתה מחשבתו למשך זמן מכל טינופי האי עלמא, והנה לאחר תקופה נקיה שוב נוחתים ונזכרים ונעלים כל אותם מחשבות טינופת בראשו, ומצטיירים במוחו ציורים מהעבר, וברור שהפעם זה לאונסו ולצערו – הוא עצמו תשובת המשקל על פגמי המחשבה שפגם פעם בהם, והענין הוא שכנגד מה שפעם הרהר בהרהורים מעין אלו ברצון ובתאוה, עתה עולים במוחו בצער ובתוגה, ובכך שמצטער מהם עתה לעומת מה שפעם התענג עליהם, וכמו כן בכך שמסיח הוא דעתו מהם לדברי תורה בזה גופא נתקנים אותם מחשבות של איסור. כך מבואר בספר "שומר אמונים".
לכן אל יצטער האדם בראותו שדוקא בזמני עליה וקדושה, עולים וצצים במוחו מחשבות טינופת והרהורי עבירה, ויש לו מכך צער גדול, אל יפול בעיניו בגלל זה, אלא ידע, שאדרבא, דוקא עתה שהוא כבר בשלב של תיקון, כי כבר עבר הוא את שלב החרטה ועזיבת החטא, ועתה הוא בשלבי תיקון לתקן חטאיו שמכבר, לכך עולים עתה בלבו הרהורים אלו כדי לבוא על תיקונם, כי גם המחשבה היא מציאות שצריכה תיקון, ולא כמו שחושבים העולם שהתשובה זה רק על מעשה, ולכל היותר על דיבור, ולא מבינים שפגם המחשבה והרהורי עבירה זהו עבירה גדולה כשלעצמה, וכמו שאמרו: "הרהורי עבירה קשין מעבירה", וכמו שכן הזהיר על כן הרמב"ם (בהלכות תשובה פ"ד) שלא כהטועים שעבירה היא רק כשיש בה מעשה, אלא כאמור הרהורים אלו יצרו מציאות של רע בעולם, לא פחות ממציאות של רע שיוצר מעשה העבירה, ומציאות זו נצרך למחקה, והוא כאמור, בכך שמעתה ישתחזרו אותן מחשבות בראשו, והפעם מתוך צער וחרטה, אזי בהיסח הדעת שמסיח דעתו מהם לד"ת נמחקים ונתקנים. ובפרט שהדבר בלתי נמנע מצד דברי הגמרא (ב"ב קסד ע"ב): הרהורי עבירה אין אדם ניצל מהם בכל יום, וזו ידיעה חשובה שהצילה הרבה מבני הנעורים ששבו מדרכם ונשברו מאותן מחשבות שהציקו להם ביותר, ובידיעה זו שבה רוחם אליהם, כי מבלי ידיעה זו יאשים האדם עצמו וירשיע עצמו, ויראה עצמו בכך מאוס ודחוי אצל בוראו וירפה ממלאכת שמים ח"ו.